学院非常重视精品课程的建设工作，制定了《四川水利职业技术学院精品课程建设管理办法》，在办法中明确提出了学院精品课程建设的目标：力争经过5年时间的努力建设，学院重点建设10门从教学内容到教学方法、从教材到能力培养都能代表我院教学水平，并具有辐射示范作用的精品课程，争取省级精品课程5门左右，并力争拥有国家级精品课程1-2门。要求精品课程的建设工作做到：认真规划、精心组织、加强领导；切实加强教学队伍建设；重视教学内容和课程体系改革；注重使用先进的教学方法和手段；重视教材建设；理论教学与实践教学并重；注重课程特色和教学效果。要采取切实措施，鼓励教师、教学管理人员积极参加精品课程建设。
学院每年设立20万元精品课程建设基金，用于精品课程建设。精品课程建设视同为教改项目，对经过评审列入院级精品课程建设规划的课程，学院给予每个项目1-2万元的建设经费资助。规定经费列支范围、经费核拨办法、经费使用、报销的审批程序。
学院精品课程建设工作实行项目负责人制。建立了对精品课程建设的项目负责人和参与人员的奖励制度，努力调动广大教师参与课程建设的积极性和主动性，提高精品课程建设的质量。精品课程建设项目按期完成后，项目负责人提出精品课程建设验收与评审申请，学院组织评审专家组对申报验收的精品课程建设项目进行验收与评审。分别对不同等级的课程进行奖励。并规定：对课程主持人的奖励应不少于总经费的40％。

院级精品课程一等奖获得者将由学院推荐参加省级精品课评选。对被评定为省级以上的精品课程建设项目，学院再给予一定的建设经费资助和奖励：省级精品课程建设项目，每项建设经费2万元，奖励2万元；国家级精品课程建设项目，每项配套建设经费3万元，奖励3万元。并规定了建设经费资助只能用于课程建设，奖金的分配按项目组、系部、申报组6:2:2的分配比例进行分配，对课程主持人的奖励应不少于项目组总奖金的50％。